Fermerët shqiptarë përballen me kosto më të larta prodhimi se konkurrentët e tyre në rajon, kryesisht për shkak të varësisë nga inputet e importuara, subvencioneve të ulëta dhe mungesës së fuqisë punëtore. Sipas të dhënave të raportuara nga FAO, fermerët e vegjël në rajon, veçanërisht në Shqipëri, shpenzojnë rreth 28% të vlerës së prodhimit për fara, plehra kimike dhe pesticide. Për shkak se pjesa më e madhe e këtyre inputeve importohet, kostot ndikohen drejtpërdrejt nga çmimet ndërkombëtare, kursi i këmbimit dhe transporti.
Një tjetër faktor që rëndon mbi fermerët shqiptarë është niveli i ulët i mbështetjes direkte. Të dhënat e raportuara ndër vite tregojnë se vendet e tjera të rajonit kanë ofruar mesatarisht mbi 53 euro mbështetje për hektar, ndërsa në Shqipëri kjo shifër është llogaritur historikisht rreth 3 euro për hektar. Ndërkohë, thatësirat, ndryshimet klimatike dhe infrastruktura e pamjaftueshme e ujitjes rrisin rrezikun e humbjeve dhe kostot për njësi prodhimi, pasi fermerët vazhdojnë të përballojnë shpenzimet për inputet edhe kur rendimentet bien.
Presioni shtohet edhe nga mungesa e fuqisë punëtore, e nxitur nga emigrimi dhe largimi i popullsisë nga zonat rurale. Gjatë mbjelljes dhe veçanërisht vjeljes, fermerët përballen me mungesë punëtorësh dhe detyrohen të ofrojnë paga më të larta, ndërsa një pjesë e prodhimit rrezikon të mos mblidhet në kohë. Kombinimi i inputeve të shtrenjta, subvencioneve të kufizuara, problemeve me ujitjen, rendimenteve të ulëta dhe kostos së punës po dobëson konkurrueshmërinë e prodhimit shqiptar përballë produkteve nga Serbia, Maqedonia e Veriut dhe vendet e tjera të Ballkanit Perëndimor.
