Eduart Merkaj ka shërbyer më parë si drejtues i Departamentit të Kufirit dhe Migracionit në Policinë e Shtetit, që nga 4 janari 2019.
Gjatë karrierës, Merkaj ka mbajtur poste në institucione të ndryshme të zbatimit të ligjit, përfshirë Policinë Kriminale apo SHÇBA. Ai gjithashtu ka qenë pjesë e Shërbimit Informativ Shtetëror (SHISH).
Në korrik 2022, Eduart Merkaj u lirua nga detyra e kreut të Policisë Kufitare, dhe tani merr drejtimin e AMP-së, duke pasuar Florian Sulejmanin.
