Pas reshjeve të fundit, liqeni i Kukësit është mbuluar nga mbeturina urbane, një fenomen që përsëritet shpesh në basenin e ujëmbledhës të hidrocentralit të Fierzës, më të madhit në vend. Ndotja lidhet me shirat dhe vërshimet që ndodhin në verilindje të Shqipërisë dhe në Kosovë.
Përrenjtë dhe lumenjtë që derdhen mbi Drin mbartin me vete sasi të mëdha mbetjesh urbane, të hedhura në mënyrë të papërgjegjshme nga banorët në të dy anët e kufirit.
Kjo situatë ka ndikuar negativisht jo vetëm në pamjen e liqenit, por edhe në aktivitetet turistike dhe ato të peshkimit.
